公司注销后税务局会查账的。

企业注销后，因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴纳或者少缴税款的，以及涉及偷税、漏税、抗税、骗税的，税务局当然可以继续查账，甚至税务局还应该进行查账，而企业账本的保存时间一般在10年-20年不等，所以如果企业税务有问题，这是一定跑不掉的，建议还是提前找一家企业注销代理公司看看能不能提前解决一下再企业注销。

相关法条：根据我国《税收征管法》第五十二条，因税务机关的责任，指示纳税人、扣缴义务人未缴或少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但不得加收滞纳金。

因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金;有特殊情况的，此追征期可以延长到五年。

对偷税、抗税、骗税的，税务机关追征其未缴或少缴的税款、滞纳金或者所骗取的税款，不受前款规定期限的限制。

也就是说企业注销后，因为税务局原因导致漏了的，追征3年无滞纳金；因为企业自身原因的，追征3-5年有滞纳金；存在违法情况的，无期限追征有滞纳金。